El museo tiene como sede el antiguo Resguardo de Aduana, que implantado en la explanada del puerto constituye una pieza histórica más desde donde apreciar los panoramas del río con las grúas del puerto, y el muelle ferroviario como protagonistas.
Centra su atención en la rica historia del Río Uruguay, río que con sus cascadas planteó un punto de trasbordo en la comunicación del alto Uruguay con los puertos del sur y Río de la Plata. Este lugar de cambio de medios de transporte dio origen a la ciudad de Salto a través de su puerto.
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